Отделение эндоскопии находится на 2 этаже 6-этажного здания, рядом с отделением реанимации. В отделение имеются кабинеты: гастроскопии, бронхоскопии и колоноскопии, и кабинет для обработки эндоскопов. Вся аппаратура преимущественно японского производства.
В отделение имеется инструментарий необходимый для проведения тех или иных манипуляций в экстренной и плановой эндоскопии. Плановые гастроскопии любого возраста проводятся после тщательного сбора анамнеза и местной анестезии глоточного кольца 10% раствором лидокаина. Исследования в экстренном порядке проводятся преимущественно под общим наркозом.